五島高校では，次のような学科・コースを設置しています。

普通科　普通コース

　ほとんどの生徒が進学を希望しているため，多様な進路希望が実現できるように工夫を行っています。

普通科　スポーツコース

　剣道・柔道・陸上の競技力を高めるとともに，将来競技者や指導者になるために必要な体育理論などを学ぶコースです。

衛生看護科

　准看護師を養成するための学科であり，卒業時に准看護師資格試験を受け合格すると，准看護師免許を取得することができます。