農事部
情報処理
情報処理部は，パソコンを利用して，ワープロ検定（３級，２級，１級）や表計算検定（３級，２級，１級）などの各種資格の取得を行っています。活動内容は，部員の希望で決めていますので，わりと自由に活動しています。
野菜
部員は男子１名（１年生）です。約３０平方メートルのハウスと４０平方メートルの露地にトマト・ミニトマト・ナス・ピーマン等の果菜類とニンジン・大根の根菜類それにキャベツ・ホウレンソウを部員が播種から収穫まで一貫して栽培管理にあたっています。収穫物は自分たちで値段をつけて校内販売を行い単位面積当たりどれだけの収益があるのかプロジェクトを行っています。
果樹
果樹部は，寺峰農場の果樹園で活動しています。温州ミカン，モモ，ナシ，ビワ，ブルーベリーなど１０種類，約４０種の果樹を栽培しています。県立農業大学校果樹学科との連携事業の一環として，「高校生にも夢を与えられる新しい果樹」としてマンゴーに着目し共同プロジェクトに取り組んでいます。今年度から，本校果樹園マンゴー栽培で，果実をつけることにしています。
草花
草花部の主な取り組みは、フラワー装飾技能士３級の国家検定の取得です。
内容は花束、リボン、バスケットアレンジメント、ブートニアの製作の実技試験とフラワーアレンジメントの学科試験があり、基本的な技術をしっかり身につけなければ合格できません。その分合格した時の充実感はひとしおと思います。平成２３年度は３名受検して全員合格しました。また、農業クラブの全国大会をきっかけに押し花づくりも試行錯誤で取り組み始め、全国押し花コンクールに出品して入賞する生徒もでてきました。これからは高校生フラワーアレンジコンテストにも出場できればと考えています。
農業機械
食品科学
食品科学部では，高校生活３年間を利用して，生徒自らが課題（テーマ）を設定し，計画，実施，反省・評価を繰り返し，知識・技術を深める学習方法「プロジェクト学習」により，食品に関する様々な開発・研究を実施しています。研究の成果については，毎年実施されている農業高校の各種大会（県連大会など）において発表しています。現在は地域農産物を利用した新しい特産物づくりの研究に取り組んでいます。
動物科学
私達動物科学部は，「犬」，「うさぎ」，「山羊・羊」，「実験動物」の四つの部門に分かれており，毎日それぞれの部門で世話を行い，動物の飼育管理等について学習を深めています。また，年に十数回「ふれあいミニ動物園」を実施し，地域の方々との交流活動にも力を入れています。とてもかわいい動物たちがいますので，ぜひ１度見に来て下さい。
森林環境
森林環境部は，平成１８年度より屋上緑化に取り組んでいます。より簡単に経済的に施工できるように研究をすすめています。また，他団体との連携により森林や環境の体験も参加しています。
国際交流
この国際交流部は伝統あるクラブで昭和３４年海外移住研究会として発足しました。昭和４０年公立高校が２０校加盟して長崎県高等学校海外移住研究会が発足し，それが現在長崎県高等学校国際教育研究協議会となっています。我が諫早農業高校は昭和４４年から２年間，その初代事務局担当校として中心的な役割を果たしていました。
農業土木
農業土木科で学ぶ学習内容を深く研究する部です。
測量
測量部では主に農業クラブ全国大会で実施される平板測量競技へ向けて練習を行っています。平成２３年度はこの競技で優秀賞（全国１位）を受賞しました。また，平板測量のみならず，他の機会を使用して測量の知識・技術を高めることも目標としています。地図製作や土地を正確に調べたいなどの興味を持っている人にはオススメです。
生物工学
生物工学部はバイオ園芸科の生徒を中心に，放課後に研究活動を行っています。バイオ技術を活用して食料や環境，文化や生活の分野をテーマとして行っています。
現在は，バイオエタノールを畜産物や廃棄物からつくる研究や，対馬の黄金オニユリの増殖や改良に関する研究を行っています。